Für die Zeit des Bauernkrieges anno 1525 gibt es keinen Nachweis über öffentliches Aufbegehren in der Gegend von Markersdorf. Bekannt ist aber, daß bei den Wechselburger Unruhen um 1790 auch Markersdorfer Bauern beteiligt waren und abgeurteilt wurden.

Damals existierten zumindest zwei Mühlen im Ort. Eine davon befand sich am Chemitzfluß, wird heute als "Alte Mühle" bezeichnet und fand erstmals 1528 Erwähnung. Außerdem existierte noch "Mings Mühle" welche sich auf dem Gebiet der "Groma" befand und 1557 genannt wurde. Sie bestand, bis 1831 ein Burgstädter Fabrikbesitzer das Grundstück kaufte, und eine Wollspinnerei errichtete. Diese wiederum wurde im Jahre 1865 von G. F. Großer erworben, der die Wollspinnerei dann zur ersten Maschinenwerkstätte für Spezialmaschinen der Strickwarenindustrie umbauen ließ.

Auch der "Schwarze Tod", wie die Pest noch genannt wird, trug sich in die Geschichte des Ortes Markersdorf ein. Er wütete in den Jahren 1607, 1613, 1626 und 1633. Bereits aus dem Jahre 1582 sind Fälle der furchtbaren Seuche im Kirchenspiel zu Claußnitz verzeichnet. Allein im Jahr 1633 forderte die Pest 108 Opfer in Markersdorf. Der damaligen Einwohnerzahl entsprechend war dies eine schrecklich große Anzahl von Toten. Bisher hat nie wieder eine Seuche so grausam in dieser Gegend gewütet.

Um 1850 betrug die Einwohnerzahl des Ortes etwa 420 Personen, welche fast ausschließlich in Ackerbau und Viehzucht tätig waren. Außerdem existierten die bereits erwähnten Mühlen, die schließlich auch als Grundlage für die Industrialisierung des Ortes angesehen werden können. In den Jahren um 1840 entstand die heutige Hauptstraße als direkte Verbindung zwischen Mittweida und Burgstädt. Sie ersetzte einen schmalen Weg der von Claußnitz kommend, entlang der Oberen Dorfstraße durch das Grundstück Hauptstraße 24, hinter der jetzigen Bebauung rechts der Hauptstraße entlang führte. In Höhe der Unteren Dorfstraße kreuzte der Weg die heutige Hauptstraße und führte dann in Höhe des Bahnhofes über eine 1771 errichtete Holzbrücke über die Chemnitz. Von 1659 bis 1771 bestand diese Brücke nur als ein Fußgängersteg. Mit der entstandenen Verkehrsverbindung muß die auch heute noch vorhandene steinerne Brücke erbaut worden sein.