Waren im außerordentlichen Staatshaushaltsetat von 1898/99 schon 5.334.500 Reichsmark genehmigt worden, reichte diese Summe letztendlich doch nicht aus. Nachforderungen von 2.695.500 Reichsmark waren vonnöten um den Bau zu ermöglichen. Mit diesen immensen Kosten ist die Chemnitztalbahn eine der teuersten sächsischen Nebenbahnen. Wäre das bereits vor Baubeginn bekannt gewesen, würden die Bewohner des Chemnitztals sicherlich noch heute auf ihre Bahnstrecke warten.
Anzumerken sei außerdem, daß die Etatüberschreitung zu einem Eklat im sächsischen Landtag führte: Fünf Staatsminister reichten ihr Rücktrittsgesuch bei König Albert ein. Am Ende kostete es aber nur dem sächsischen Finanzminister Werner von Watzdorf den Posten. Ihm wurde schließlich im Februar 1902 die Entlassung aus dem Staatsdienst bewilligt.

Die Ursache der hohen Kosten war hauptsächlich auf die vorgefundenen Geländeschwierigkeiten zurückzuführen. Neben der Höherlegung des Bahnkörpers zum Schutze vor Hochwasser waren vor allem Dammbauten, Felssprengungen, Erdeinschnitte und 19 Überbrückungen auf nur 20 Kilometern Länge, sowie die 2 Tunnel durch massives Gestein die größten Kostenfresser.